Billet ACTU! paléogenomique et origine(s) du chien

Cette année la plateforme s’enrichit d’un nouveau format « billet actu ». Pour plus de réactivité et de discussion, des billets en relation avec des documents, actus scientifiques ou sociétales et en relations directes avec le questionnement de cette année vous sont désormais proposés.

En première brève ici, l’article du CNRS le journal qui présente les problématiques et résultats proposés par les équipes d’A. Tresset et de C. Hänni. Comment la paléogénomique peut elle nous éclairer sur l(es) origine(s) de la domestication du chien…?

https://lejournal.cnrs.fr/articles/dou-vient-le-chien

Alaskan_Malamute_R_BartzWikimedia commons by R. Bartz

 

Les ambitions de HTME2016 se précisent….

L’angle est fixé, les approches que nous souhaitons croiser aussi, que ce soit lors de la journée ou ici sur la toile.

Voici notre proposition pour le prochain rdv CNRS/Muséum de Tuolouse autour de l’Homme et de ses Environnements: Quelles sont les relations Homme-Animal au cours du temps ? Quels sont les supports et modes de communication associés à ces échanges ? Quel avenir est possible pour ces duos à l’ère du numérique et/ou de la robotique ?

http://www.publicdomainpictures.net/

http://www.publicdomainpictures.net

En effet, le devenir de l’Homme a toujours été lié à celui de l’animal. Ce lien se transcrit jusque dans le droit, qui depuis 2015 reconnait les animaux domestiques comme « êtres vivants doués de sensibilité », et non plus comme de simples biens ou objets. Ces relations d’interdépendance ne concernent pas que les seules fins utiles telles que l’alimentation, la confection ou le transport… Depuis longtemps déjà, ces relations sont également empreintes de symbolique et d’affect. Des temps préhistoriques à aujourd’hui comment ces relations ont elles évoluées ? Quels indices nous permettent de suivre ces liens particuliers que l’Homme, qu’il soit chasseur-cueilleur, agriculteur ou urbain entretient avec l’animal ? Comment l’animal sauvage devient-il animal domestique puis animal de compagnie ? Quelles projections de nous-même, quels échanges cognitifs et affectifs sous-tendent cette relation particulière ? Le monde virtuel peut-il prolonger ou supplanter ce duo d’antan ?

Autant de questions qui seront abordées lors de notre RDV du 15 Novembre prochain.

la saison 2016 s’annonce

Après une longue période hivernale, le retour du soleil et avec lui l’édition HTME 2016. Pas d’hibernation pour nous mais le temps de la réflexion. Nous voilà fin pret(e)s pour peaufiner un programme dont les grandes lignes ont vu le jour ces dernières semaines. Nous tacherons de distiller quelques indices avant de partager avec vous un programme plus complet.

cco DOMAIN PUBLIC VIA PIXABAY

CCO public domain via Pixabay

 

 

De « transportez-vous aux Archives de Toulouse » à « les Archives vous transportent » ? par C. Bernard*

Collecter, conserver, classer les archives pour les communiquer à tous. La formule des 4C est utilisée depuis environ trente ans pour résumer nos missions. Des missions dont les pratiques ont considérablement évolué au cours du temps. L’archivistique traditionnelle existe toujours et elle offre des bases solides à l’exercice ô combien gratifiant de transmission d’un patrimoine commun.

cath Bernard archivesArbre.Toulouse, Domaine de la Flambelle, sept 1964. André Cros. Ville de Toulouse, Archives municipales, 53 Fi 4750. Licence CC 3.0 BY SA.

Archiviste, un métier encore méconnu et toujours en quête de reconnaissance. Archiviste, bibliothécaire, documentaliste des professions cousines mais qui ont chacune leur identité professionnelle. Archiviste, une fonction qui existe pourtant depuis que les hommes ont commencé à créer des documents dans le cadre de leur activité et qu’ils ont éprouvé le besoin de les conserver et de les organiser pour prouver leurs droits ainsi que pour une saine gestion collective. Mais une discipline, l’archivistique, qui n’est entrée qu’en 1989 au Dictionnaire de l’Académie française.

Pour en revenir aux 4 C, aujourd’hui sont-ils suffisants pour évoquer les mutations de ce métier au regard des transformations de notre société et en particulier dans sa confrontation au numérique ? Peut-être pas, sauf si le dernier verbe « communiquer » est compris dans toutes les acceptions proposées par les dictionnaires des synonymes : révéler, exposer, faire connaître, publier, insuffler, échanger, s’ouvrir, donner et partager par exemple… Longtemps, ce mot a été employé en termes d’accès aux ressources documentaires. A présent, il peut déployer toute sa richesse sémantique et rendre compte des actions de valorisation mais également d’un rôle croissant dans la diffusion et le partage rendu possible par le numérique.

Toulouse._En_gare._Locomotive._4_octobre_1899_(1899)_-_51Fi13_-_Fonds_Trutat_-_cutoutToulouse. En gare, locomotive 1899. E. Trutat, archives municipales 51Fi13

Autrefois, notre credo était « venez aux Archives, l’accès est gratuit et ouvert à tous ». Désormais, les archives sont partout sur la toile, et, de plus en plus, elles s’offrent à vous. On est loin de la définition des dictionnaires d’Ancien Régime : l’archiviste, garde des Archives, non ? Médiateur, community manager, administrateur général des données… dans tous les cas, l’archiviste, créatif et collaboratif, est en meta/morphose comme l’évoque le prochain forum de l’Association des Archivistes français au printemps 2016 qui qualifie les archives de bouillons de culture numérique.

* Catherine Bernard, Adjointe du Directeur Chef du service des publics, fonds clos et audiovisuels, Archives municipales de la Mairie de Toulouse

Retrouver les archives de Toulouse

Sur internet : Les archives de Toulouse ; Le patrimoine toulousain à la carte ; Urban-Hist sur Android ou sur iOS

Sur les réseaux sociaux : twitter archive : @ToulouseArchive ou @UrbanHist_Tlse
facebook ; flickr ; scoop-it

Sur Wikimedia Commons

Brève présentation d’Huma-Num avant de rencontrer son directeur technique, S. Pouyllau

De plus en plus de programmes de recherche en Sciences Humaines et Sociales reposent sur l’exploitation de bases de données. Il est alors nécessaire de gérer les données de la recherche de la création à l’interopérabilité, c’est-à-dire de procéder à du traitement : extraire et annoter des données sérielles ou textuelles, calculer ou annoter des données multimédia, audio/vidéo, 3D, cartographiques, etc.

Le but des Très Grandes Infrastructures de Recherche (TGIR), telle que Huma-Num est de répondre à des besoins grandissants dans ce domaine.

Revenons sur les objectifs, approches et enjeux de ces plateformes, avant de rencontrer Stéphane Pouyllau, le 24 novembre prochain lors de notre journée HTME. Stéphane Pouyllau est directeur technique d’Huma-Num et responsable du projet ISIDORE.

Les approches et objectifs des plateformes en « humanités numériques »

La notion de corpus regroupe ici un « ensemble de données (numériques) organisées par les chercheurs et les ingénieurs pour faire de la recherche ». Les corpus sont constitués de fonds d’archives, d’archives de chercheurs, d’archives de laboratoires, de reportages photographiques, de collections de bibliothèque, quelle qu’en soit la nature des données (« papier », analogique, numérique)

L’objectif des plateformes est alors multiple :

  • rendre plus accessible les données numériques, en particulier celles qui sont difficilement publiables,

  • optimiser la réutilisation des données scientifiques,

  • participer à la sauvegarde des données à l’ère du numérique,

Les méthodes déployées sont alors au croisement de la recherche, de la documentation et du travail d’archives, de l’informatique et de l’édition. Seule une approche interdisciplinaire mobilisant l’ensemble des compétences mentionnées, mais également l’ensemble des institutions, ressources (humaines et matériels) et sites/outils pré-existants permet un tel déploiement. C’est donc un effort majeur de coopération/coordination et d’adaptation permanent tourné vers l’interopérabilité et impliquant de nombreux partenaires.

Ainsi Huma-Num, dans ses missions nationales mais aussi de coordination de la participation de la France dans DARIAH au niveau européen, coordonne et développe des services numériques fondées sur les techniques de l’information et de la communication (TIC) et travaille avec les communautés pour explorer les méthodes et outils TICS, développer les collaboration et production de résultats, échanger les savoirs et expertises issues de diverses pratiques et disciplines.

Social_Network_Analysis_Visualization« Social Network Analysis Visualization » by Martin Grandjean – Own work : http://www.martingrandjean.ch/wp-content/uploads/2013/10/Graphe3.png. Licensed under CC BY-SA 3.0 via Wikimedia Commons – https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Social_Network_Analysis_Visualization.png#/media/File:Social_Network_Analysis_Visualization.png

Les services d’Huma-Num

Différents services en direction du monde de la recherche et du patrimoine numérique sont proposés. Ils se subdivisent en 6 grandes catégories : stocker, archiver, traiter, signaler, diffuser, exposer les données de la recherche.

Des outils ou solutions logicielles sont adossés à ces services :

  • outils de stockage avec conseils adaptés aux objectifs des programmes,

  • service d’archivage assorti de conseils grâce à une convention avec le centre labellisé (CINES) disposant de compétences spécifiques pour l’archivage à long terme,

  • des logiciels de traitement, de visualisation, d’encodage… adaptés aux projets,

  • un service de collecte (moissonnage) offrant un signalement et un accès unifié aux documents et données numériques des SHS : ISIDORE,

  • des packs d’outils permettant de diffuser en ligne des données avec une volonté de favoriser le libre accès aux métadonnées ou données, comme pour ISIDORE,

  • un service d’exposition des données permettant un accès persistant et interopérable des données numériques : NAKALA.

Ces services sont opérés par Huma-Num avec un réseau de partenaires publics : Centre de calcul de l’IN2P3-CNRS ; Centre pour la communication scientifique direct, CINES, etc.

Les consortiums d’Huma-Num :

Les consortiums regroupent des unités et équipes fédérées autour de thématiques et d’objets communs. Ces derniers définissent des procédures et standards numériques partagés.

Actuellement 11 consortiums sont labellisés, regroupant des disciplines aussi variées qu’archéologie, histoire, ethnologie, sciences sociales du politique, musicologie, 3D…

Ici je renverrai sur le site d’HumaNum pour avoir un billet pas trop long.

Pour en savoir plus sur Huma-Num : le site, le blog

Texte issu du contenu de la plateforme Huma-Num et des présentations partagées de S. Pouyllau.

Rencontre avec Anne Probst (billet 4)

Question 4 : Si les cartes constituaient déjà un patrimoine, cette base de données est en elle-même reconnu « œuvre collective du CNRS ». On peut ainsi considérer qu’il s’agit d’un patrimoine scientifique voire d’un patrimoine plus large et en devenir. Riche de cette expérience, selon vous quelle place doit tenir la « transmission » des connaissances mais aussi des données dans la recherche?

Anne Probst : Les cartes papier et leur scannage numérique ont été reconnues « œuvre collective du CNRS » dans le cadre du projet. C’était une condition essentielle pour que ce patrimoine puisse être utilisé. Cela a permis la réalisation de la base de données numérique en tant qu’œuvre collaborative par des chercheurs du CNRS, Université Toulouse (INPT, UPS), INRA, Université Nancy I, Université Aix-Marseille, AgroParistech-ENGREEF. Ces chercheurs ont cédé leurs droits patrimoniaux sur cette nouvelle œuvre numérique à leurs tutelles respectives permettant ainsi l’utilisation sans contrainte de ces données. Cela fait de cette œuvre un patrimoine scientifique qui peut être utilisée par différents utilisateurs des chercheurs, aux enseignants en passant par les organismes d’état, les collectivités territoriales, les bureaux d’étude….

carte de vegetationCarte de la végétation sur le bâtiment 4R1 du campus de Rangueil.

© CNRS (oeuvre collective)

Ces données numériques ont des applications importantes aujourd’hui et en auront dans le futur, comme le montre aujourd’hui les applications qui n’étaient pas prévisibles lors de l’élaboration des cartes comme le montre clairement aujourd’hui les enjeux autour des impacts de la pollution atmosphérique et des changements climatiques. La transmission des connaissances est fondamentale à la recherche pour ne pas perdre les acquis du savoir souvent obtenues avec beaucoup d’investissement et qui pourront être utilisées dans le futur dans des enjeux non perceptibles à ce jour. Il est cependant essentiel que les données soient renseignées de façon approfondies et des normes devraient être mise en place afin d’optimiser la transmission des savoirs et leur utilisation future. La numérisation permet une sauvegarde et une transmission plus souple en apparence mais elle nécessite une certaine rigueur comme une mise à jour régulière des formats, des sauvegardes, des descriptifs des actions menées pour acquérir ces données. Elles sont essentielles car on voit trop de travaux ou de données perdues ou impossibles à réutiliser, des investigations qui apparaissent « au goût du jour » mais qui pourtant avaient été déjà abordées auparavant et qui en raison de la non transmission de ces savoirs restent muettes.

En guise de conclusion, on peut citer P. Rey (2009) qui mentionnait à propos des cartes « que l’œuvre accomplie au 20e siècle […] puisse alimenter une banque de données patrimoniales, témoin d’une dynamique des paysages garante de tout espoir d’aménagement dans la durée ».

Pour en savoir plus :

GAUQUELIN T., DELPOUX M., DURRIEU G., FABRE A., FONTES J., GOUAUX P., LE CARO P. et O’DONOGHUE M.H. (2005)- « Histoire du Service de la carte de la végétation de la France1 », La revue pour l’histoire du CNRS [En ligne], 13, URL : http://histoire-cnrs.revues.org/1697

OZENDA, P. (1986). La cartographie écologique et ses applications. Numéro 7 de Écologie appliquée et sciences de l’environnement. Masson.

LEGUEDOIS S., PARTY J.P., DUPOUEY J.L., GAUQUELIN T., GEGOUT J.C., LECAREUX C., BADEAU V., PROBST A. (2011)- La carte de végétation du CNRS à l’ère du numérique. Cybergeo : European Journal of Geography (revue on line), Environnement, Nature, Paysage, document 559, URL : http://cybergeo.revues.org/24688 ; DOI : 10.4000/cybergeo.24688

REY P. (2009) « Histoire de la cartographie de la végétation en France », Bulletin du Comité Français de Cartographie. Le Monde des Cartes : http://www.lecfc.fr/new/articles/199-article-9.pdf, vol. 199, 105-115.

Rencontre avec Anne Probst (billet 3)

Question 3 : Pouvez nous éclairer sur les processus d’extraction des données à partir des cartes et de structuration de ces données? En quoi cette dernière (métadonnées) permet un partage avec la communauté scientifique mais aussi civile?

Anne Probst : Grâce au soutien financier de l’ADEME, le projet de numérisation a consisté à : (i) scanner et assembler les 64 Cartes au 1/200000ième éditées par le CNRS entre 1946 et 1991, numériser et assembler des cartons botaniques à 1/1 250 000 associés à chaque carte, synthétiser la légende, mettre à jour la couverture ; (ii) améliorer et valider la base de données numériques ainsi créée par croisement avec des bases de données floristiques existantes (EcoPlant, Sophy et relevés IFN) ; (iii) assurer une prospection pour développer et évaluer une méthodologie d’estimation des variables écologiques nécessaires au calcul des charges critiques azotées.

La base de données numérique de la végétation de la France est ainsi composée :

  • Un scan géo-référencé des séries de végétation de chaque carte au 1/200,000 qui est un « testament » de la végétation existant entre les années 1940–1990 selon les zones;
  • Six couverture secondaires géo-référencées et scannées qui correspondent aux différents “cartons” au 1/1 250000 insérés présents sur les cartes papier au 1/200000 (carton de sol, de couverture végétale, d’agriculture, de climat, de végétation potentielle locale) ainsi que 10 couvertures vectorisées qui regroupent les données extraites des encarts botaniques des cartes (principales espèces d’arbres secondaires, aire de distribution de quelques espèces méditerranéennes et le niveau de drainage dans les Landes);
  • Une base de données, vectorisée à partir des 64 cartons botaniques au 1/1 250 000 géo-référencés, de la végétation potentielle harmonisée à l’échelle nationale au 1/1,000,000 avec les données descriptives de végétation de chaque unité cartographique; Les 6 707 polygones numériques ainsi générés ont tout d’abord été renseignés avec leurs intitulés d’origine puis se sont vus attribuer un intitulé issu du 5e niveau de la typologie hiérarchique. Cette couverture a été vérifiée par comparaison avec d’autres cartes disponibles et l’hétérogénéité de la flore de chaque unité a été quantifiée ;
  • Une base de données décrivant 6 niveaux de typologie la végétation potentielle de la France qui peut être jointe à la couverture de la végétation potentielle décrite ci-dessus harmonisée au 5ième niveau (Unités Cartographiques de Végétation, UCV);
  • Une base de données avec les principales métadonnées de chaque feuille de papier au 1/200000 (auteurs, contributeurs, date d’édition, numéro, limites et intitulé des feuilles).

Le processus ayant conduit à établir la carte de végétation potentielle harmonisée à l’échelle nationale a été le suivant.

Chacune des 64 feuilles de la carte de végétation du CNRS a été scannée en 600 Points Par Pouce (ppp) à l’aide d’un scanner A0 à haute définition.

HP_A0_Plotter_7585Bexemple de scanner A0  « HP A0 Plotter 7585B » by Tam at the German language Wikipedia.

La carte sensu stricto et les 6 cartons ont ensuite été découpés, puis géo-référencés et assemblés en sept couvertures matricielles continues sur l’ensemble du territoire métropolitain. Le géo-référencement a été défini en Lambert II étendu à partir de la base de données Carthage (BD Carthage). Chacune des couvertures a été découpée en dalles de 100 x 100 km2 pour la carte et de 200 x 200 km2 pour les cartons. Les feuilles de la carte de végétation de la France ayant été publiées sur une période de 45 ans par une quinzaine d’auteurs-coordinateurs principaux, il existe une évolution dans la typologie utilisée. Notamment, pour les feuilles couvrant les zones montagneuses et méditerranéennes, on constate une augmentation du détail des légendes réalisées. Il était donc nécessaire d’homogénéiser les légendes en une typologie nationale qui puisse servir pour renseigner les données attributaires de la base de données à l’échelle nationale. La typologie initiale a été établie à partir de cartes de synthèse indiquant d’une part, les grands types de formation végétale potentielle, et d’autre part, les régions écologiques.

À partir de ce travail initial et des légendes des 64 feuilles de la carte de végétation au 1/200000, une nouvelle version hiérarchique nationale de la typologie a été réalisée. Une typologie simplifiée des séries de végétation a été faite pour quatre zones géographiques, puis elles ont été regroupées et synthétisées pour éliminer les redondances. La typologie a été établie. Cette dernière a ensuite été expertisée par des phytoécologues partenaires. Des informations complémentaires ont été apportées à la typologie hiérarchique pour mieux caractériser le niveau de l’Unité Cartographique de Végétation (UCV). La cohérence des couvertures Système d’Information Géographique (Sig) produites a été vérifiée en comparant ces cartes avec des cartes de végétation existantes au niveau français et européen. Enfin, l’hétérogénéité floristique entre UCV a été évaluée à l’aide d’un indicateur de diversité écologique (indice de Sorensen moyen).

Cette base de données a de nombreuses applications en termes de retombées scientifiques et vis-à-vis de la société civile.

D’un point de vue scientifique, à l’heure actuelle, grâce à sa forme vectorielle, elle peut être croisée à l’échelle nationale avec des cartes d’occupation des sols ou d’autres cartes existantes de variables abiotiques, comme la carte pédologique et permettre ainsi de mettre en relation type de végétation et type de sols par ex. Le croisement de la répartition cartographique entre une végétation et la nature géochimique des matériaux géologiques ou pédologiques permet de vérifier le préférendum d’une série ou d’une végétation secondaire pour un type de substrat, et d’en déduire si d’autres facteurs, comme l’altitude ou le climat par ex., expliquent sa répartition. Un croisement avec des cartes spatialisées météorologiques sont aussi possibles.

 Carte_géologique_du_Morvan.svg

Ex de carte géologique pouvant être comparé aux cartes de végétation grâce au georéférencement (by LeMorvandiau, CC BY-SA 3.0 via Wikimedia Commons)

Comme autre exemple d’utilisation, on peut superposer en 3D un modèle d’altitude avec les données de la carte à l’échelle d’une région, permettant ainsi de déterminer les limites altitudinales supérieures et inférieures des étages de végétation sur cette région.

Enfin, certaines espèces sont supposées caractéristiques d’une région pédo-climatique (ex. l’olivier pour la région méditerranéenne), le croisement de la couverture de l’olivier avec la carte de végétation potentielle harmonisée permet de déterminer le degré de méditerranéicité des unités cartographiques du pourtour méditerranéen. On peut également établir ces indices de méditerranéicité ou de continentalité par ex. à l’échelle nationale en croisant les données de la carte de végétation potentielle avec les milliers de relevés floristiques d’autres bases comme celle de l’IFN ou la base EcoPlant (de J. C. Gégout). Ces données sont de précieux atouts pour évaluer les évolutions de la biodiversité végétale et sa répartition face aux enjeux des changements globaux.

Vis-à-vis de la pollution atmosphérique et de ses impacts, elle permettra d’identifier les zones à écosystèmes les plus sensibles au niveau national. La prédiction des évolutions dans le temps sous l’effet conjoint des dépôts d’azote par ex. et des changements climatiques, et le croisement avec les utilisations du sol actuels et prédits sont essentiels à la gestion durable des milieux. Les données des cartes de végétation peuvent servir de calage de modèles d’évolution des répartitions spatiales de la végétation sou l’effet des changements globaux.

D’un point de vue appliqué, elles fournissent des informations pour caractériser le contexte biogéographique et écologique général dans le cadre d’études naturalistes ou de projets d’aménagement du territoire (par exemple des pré-études pour des typologies de stations forestières, des études d’impacts environnementaux) utilisables par les DRAAF, les DAE, les CBN par ex. ou les bureaux d’études. La carte des séries de végétation peuvent constituer une aide à la reconnaissance des groupements végétaux dans des travaux de cartographie par télédétection ou pour des relevés de terrain. D’autre part, que ce soit au niveau de l’enseignement secondaire ou supérieur, ces différentes cartes numériques constituent un support pédagogique attrayant pour illustrer par exemple le concept d’étagement altitudinal ou les relations entre végétation et variables du sol ou du climat. Cela permet donc de créer de nouveaux supports pédagogiques pour illustrer le contrôle de la végétation par les caractéristiques environnementales.

Rencontre avec Anne Probst (billet 2)

Question 2 : Pouvez vous nous préciser brièvement l’objectif initial de votre projet de numérisation?

Anne Probst : Deux objectifs ont été visés dans le projet de numérisation:

– d’une part, assurer une sauvegarde « patrimoniale » numérique des cartes au 1/200000ème qui n’existaient qu’au format papier. Certaines cartes étaient aujourd’hui épuisées, et chaque déménagement des laboratoires de recherche successifs « héritiers et gardiens », réalisé au cours du temps engendrait des risques de pertes de ces documents sous format papier et des informations associées ; le risque de perte de cet ouvrage était donc important.

– d’autre part, pouvoir générer des données numériques spatialisées utilisables dans un objectif de recherche que l’on n’avait pas imaginé lors de l’édition des cartes !

Dans le cadre de la convention internationale de Genève sur la pollution atmosphérique transfrontalière à longue distance, les réductions des émissions de polluants sont négociées en prenant en considération les impacts générés par les dépôts de ces contaminants. L’approche retenue pour quantifier la sensibilité des écosystèmes est basée sur le concept de charge critique, c’est-à-dire le dépôt atmosphérique limite de contaminants à partir duquel des effets sur les écosystèmes sont détectables. Pour améliorer la détermination des charges critiques en azote eutrophisant (contaminant aujourd’hui objet de toutes les attentions) pour le territoire national, il est nécessaire de disposer d’une carte numérique de la France indiquant précisément la composition de la couverture végétale.

"DARK CLOUDS OF FACTORY SMOKE OBSCURE CLARK AVENUE BRIDGE - NARA - 550179" by Frank J. (Frank John) Aleksandrowicz, 1921-, Photographer (NARA record: 8452210) - U.S. National Archives and Records Administration. Licensed under Public Domain via Commons - https://commons.wikimedia.org/wiki/File:DARK_CLOUDS_OF_FACTORY_SMOKE_OBSCURE_CLARK_AVENUE_BRIDGE_-_NARA_-_550179.jpg#/media/File:DARK_CLOUDS_OF_FACTORY_SMOKE_OBSCURE_CLARK_AVENUE_BRIDGE_-_NARA_-_550179.jpgNuage noir – Clark avenue Bridge – Nara » ; Frank J. Aleksandrowicz

En effet, la végétation est un indicateur sensible aux changements de dépôts azotés. Ceux-ci génèrent une modification des caractéristiques biogéochimiques des sols (pH, cycle de l’azote), évolution des conditions trophiques entrainant à son tour un changement de la composition de la communauté végétale. Une base de données numérique précisant les unités de végétation présentes sur le territoire ainsi que leur composition floristique faisait défaut pour améliorer l’évaluation de ces impacts des pollutions atmosphériques sur les écosystèmes, et ainsi envisager un modélisation de la sensibilité des écosystèmes (« charges critiques ») à l’échelle nationale dans un contexte d’évaluation européenne.

Ainsi cette numérisation permettait : (i) d’intégrer l’effet des pollutions atmosphériques, notamment azotées, sur la biodiversité comme recommandé par les récents travaux de la convention de Genève ; (ii) d’améliorer la définition des unités écosystémiques sur lesquelles est basée la modélisation spatiale des charges critiques ; (iii) de mieux modéliser les dépôts de polluants atmosphériques et leurs excès.

Cette carte de la végétation, bien que relativement ancienne, est la seule source cartographique, couvrant le territoire métropolitain, et qui apporte des informations détaillées sur la phytocénose à des échelles pertinentes pour une représentation nationale. En effet, les autres sources cartographiques disponibles ne présentent que des informations sur la physionomie de la végétation via l’occupation du sol, ou uniquement les essences et les traitements forestiers, ou les peuplements forestiers de l’Inventaire Forestier National (IFN), ou une échelle trop large, ou encore uniquement des limites d’aires phytogéographiques.

Le projet de numérisation permettait donc la cartographie des unités de végétation présentes en France ainsi que la description de leur composition floristique, et d’en assurer une harmonisation de légende à l’échelle nationale.

Le programme 2015 s’annonce: rencontre avec Anne Probst!

Le programme de « Homme, tu m’étonnes! » version 2015 s’annonce. D’ici la journée du 24 Novembre (Muséum de Toulouse), nous vous proposons de le découvrir et de faire plus ample connaissance avec les intervenants.

Anne Probst, du laboratoire Ecolab* a joué le jeu de l’interview. Elle nous dévoile dans une série de 4 Billets/Questions les dessous de ses travaux et de sa prochaine intervention : « La carte de la végétation de la France : renouveau numérique d’un patrimoine scientifique »  »

 

Question 1 : Votre travail s’appuie sur des cartes de végétations pré-existantes. Pouvez-vous nous faire un bref historique de l’origine de ces cartes et de leur vocation originale?

Anne Probst : A la sortie de la Seconde Guerre mondiale le CNRS a décidé d’impulser la réalisation de la carte de la végétation de la France au 1/200 000 en créant en 1947 à Toulouse une entité dédiée « le Service de la Carte de la Végétation » (SCV). En effet, il n’existait pas encore d’ouvrage conséquent de géographie botanique en France qui permettrait une meilleure connaissance du milieu naturel et de ses possibilités d’utilisation et il apparaissait alors urgent de s’attacher à la sauvegarde et à l’aménagement des ressources naturelles renouvelables. Un recensement des milieux naturels tels que les forêts et un inventaire des ressources et de leur mise en valeur rationnelle, était donc nécessaire.

La carte de la végétation éditée au 1/200 000, -seule échelle qui permettait raisonnablement d’envisager une couverture de l’ensemble du territoire national-, permettait à la fois un inventaire cartographique et statistique du « tapis végétal » et une indication du « dynamisme » de la végétation en vue de sa valorisation.

La carte de végétation du CNRS repose sur le constat que « la végétation se distribue en ensembles cohérents, selon des séries de végétation ou des étages de végétations en montagne et dont la répartition géographique est déterminée par les conditions du milieu, le climat et la nature des sols ». Chaque série ou étage de végétation se décline en différents stades de végétation tels que les pelouses, landes, landes boisées, bois. A partir de leurs relevés cartographiques, les auteurs des cartes avaient pour mission d’extrapoler, pour représenter la végétation potentielle du territoire dont ils avaient la charge : les entités cartographiées étaient les séries dynamiques de la végétation, c’est-à-dire l’ensemble d’une « végétation potentielle » (groupements qui évoluent vers celle-ci, ceux qui en dérivent par dégradation, des cultures qui peuvent lui être substituées, des types de reboisement possible). Cette végétation potentielle constitue donc un état de référence écologique pour les phytogéographes réalisateurs de la carte de végétation du CNRS.

MNHT et UPS-tlse III(photo : Le Jardin botanique Henri Gaussen – La spirale ethnobotanique. copyright D. Descouens – Museum Toulouse)

Henri Gaussen (1891-1981) fut l’initiateur de la carte de la végétation dans les années 1940. Le jardin botanique Henri-Gaussen est aujourd’hui situé au centre de Toulouse, géré par l’Université Toulouse III – Paul-Sabatier, et fait toutefois partie du muséum d’histoire naturelle

Henri Gaussen a ainsi pris la direction de ce projet au sein du SCVS. Sous la houlette de Paul Rey, alors directeur technique, l’équipe a été dynamisée par le recrutement de nombreux techniciens et ingénieurs, docteurs pour la majorité, tous spécialistes de phytogéographie, et dont les activités étaient entièrement dédiées à l’élaboration des cartes, laissant de ce fait peu de place aux recherches plus fondamentales. Suite au départ à la retraite de Henri Gaussen, la direction du Service a été ensuite assurée par Paul Rey, assisté de Georges Dupias, sous-directeur, jusqu’à sa transformation en 1982 en un laboratoire plus axé vers la recherche, tout en ayant en charge d’achever la couverture cartographique totale de la France.

La plupart des feuilles (80%) ont été publiées sur une période de 20 ans entre les années 60 et 80. La dernière carte a été achevée en 1987. L’entreprise aura duré 40 ans et 64 feuilles auront été élaborées couvrant ainsi la France métropolitaine. Si 52 auteurs ont contribué aux cartes, 14 même auteurs ont été associés à toutes les cartes à l’exception de 4 d’entre elles, garantissant une harmonisation de la cartographie.

L’historique de ces cartes est très bien retranscrite dans les documents publiés par Gauquelin et al. (2005) et Rey (2009).

 

* Ecolab (UMR5245 CNRS-UPS-INPT)

Echanges au cours de la campagne d’inventaire PATSTEC : un billet d’Anne Claire Jolivet

Le billet d’Anne Claire Jolivet vient nous illustrer une des visions du patrimoine scientifique par le monde de la recherche. Il nous fait par également des réflexions qui accompagnent les usages du numérique dans les démarches de sauvegarde et patrimonialisation.Ce billet vient comme un prélude à ce qui sera le sujet de la table ronde de la journée HTME 2015.

Le billet d’Anne Claire Jolivet : A la recherche des sciences récemment disparues …

 » Échanges au cours de la campagne d’inventaire dans un laboratoire de recherche toulousain

Glossy_3d_blue_conversationMysitemyway.com [CC BY 1.0 (http://creativecommons.org/licenses/by/1.0)], via Wikimedia Commons

1ère visite 

PATSTEC (P) Bonjour, merci de nous accueillir

LE CHERCHEUR (C) : vous recherchez des pièces de musées ? Vous savez ici nous n’avons rien de vieux et de précieux …

(P) Pas tout à fait, nous œuvrons pour sauvegarder le patrimoine scientifique et technique contemporain, du 20 et 21ème siècle

(C) Aaahh ! Alors, vous tombez bien, prenez ce que vous voulez, tout ce qu’il y a à la cave doit partir à la benne la semaine prochaine !

(P) AAAHH ! Si vous pouviez attendre quelques jours, cela nous permettra de faire un tri raisonné et ainsi de convenir avec vous de ce qu’il serait bon à conserver pour mettre en récit l’histoire scientifique régionale, avec l’avis des membres de votre laboratoire.

(C) OK, si vous voulez, nous ne sommes plus à quelques jours prêts !

(P) Nous pouvons faire le tour du laboratoire avec l’appareil photographique ?

(C) Oui, allez-y !

Entre deux visites … après avoir gagné du temps avant la mise à la poubelle des instruments, avoir mitrailler chaque recoin de paillasses pendant 3H accompagnés de plusieurs chercheurs, ingénieurs et techniciens qui se sont révélés particulièrement bavards finalement, avoir trier le reportage, avoir extrait les instruments remarqués, avoir échangé quelques mails…

2ème visite quelques semaines plus tard

(P) Bonjour, comment allez-vous depuis notre dernière visite ?

(C) Bien merci, nous avons trouvé d’autres instruments qui pourraient vous intéresser.

(P) Merci nous allons voir cela, et vous avez trouvé une solution pour ceux repérés la dernière fois ?

(C) Oui en partie : le directeur en a mis quelques-uns dans son bureau, on a fait une petite vitrine pédagogique dans la salle de travaux pratiques, et il nous en reste quelques-uns dans la cave

(P) On peut s’installer sur cette table pour faire les photographies, prendre les mesures et étiqueter les instruments ?

(C) Oui, une fois que vous les aurez intégrés dans la base de données, on pourra en jeter certains ?

(P) … SILENCE

Le numérique est-il une solution pour conserver virtuellement des traces de l’activité de recherche contemporaine ? Cette science qui se révèle être de plus en plus « big » avec des équipements monumentaux et d’importants collectifs de chercheurs internationaux, cette science qui se réalise avec des instruments qui paraissent uniformes et simplement électroniques de l’extérieur, telle des « boîtes noires » en plastique, cette science qui se charge en données de façon exponentielle et en équipements de plus en plus rapidement obsolètes … est-elle compatible avec une processus de patrimonialisation qui demande forcément du temps et du sensible ?

image billet AC JolivetCalculatrice arithmétique de Toulouse, projet pédagogique et de recherche de 1958 à 1968 [copyright] Droits réservés (via AC J.)

La tentation de penser que la numérisation 3D, la réalisation de base de données et la médiation par exposition virtuelle représentent les solutions pour sauvegarder le patrimoine scientifique est grande. D’autant plus lorsqu’on évoque les manques de moyens et de locaux de la recherche française. Mon propos se veut plus modéré, le numérique est un nouvel outil remarquable du conservateur qui lui permet de donner à voir au présent et donner à transmettre au futur. Mais le numérique ne doit pas occulter la réalité du matériel, l’émotion de voir de ses propres yeux des objets d’un passé plus ou moins récent, artefact d’hommes et de femmes de sciences. Il permet à juste titre de trouver des solutions pragmatiques et innovantes de diffusion et de médiations scientifiques, mais ne doit pas désengager la communauté scientifique de la sauvegarde des traces de son activité, bien au contraire la convaincre de la force culturelle des instruments, objets proche du quotidien qui lui semble parfois uniquement obsolète ! »

AC. Jolivet,

Chef de projet Mission Sauvegarde du patrimoine scientifique et technique en Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi Pyrénées

En savoir plus sur:  PATSTEC

Retrouver d’autres témoignages de chercheurs et précisions sur le site Patrimoine Contemporain de l’Université Fédérale Toulouse Midi Pyrénées ici

Patrimoine Mathématique : Retour d’impressions d’A. Chéritat

Alors même que le programme 2015 de « Homme, tu m’étonnes !» se finalise plusieurs actualités sont en lien avec sa thématique « Patrimoine/Science et Numérique ».

Ainsi, la journée du 19 septembre au Muséum de Toulouse intitulée « patrimoine du XXI°s : la numérisation 3D » sera l’occasion de s’immerger dans la thématique, de s’émerveiller mais aussi d’initier et partager nos réflexions avant la journée HTME du 24 Novembre.

A l’occasion des journées européennes du patrimoine 2015, d’autres animations sur Toulouse sont prévues. Par exemple, jusque lundi 24 septembre se tient au Forum Louis Lareng de l’Université Paul Sabatier, l’exposition « Patrimoine en 3D, un nouveau regard sur les collections universitaires », organisée par le service de Commun d’Etudes et Conservation des Collections Patrimoniales de l’Université Toulouse III-Paul Sabatier avec la participation de l’Institut de Mathématiques de Toulouse et la bibliothèque de Mathématiques et Mécanique de l’UPS.

Parmi l’ensemble présenté, cinq objets mathématiques en plâtre et cinq objets en origami, complété par un objet imprimé en 3D ont été réalisés par Arnaud Chéritat.
Nous avons eu le plaisir de le rencontreret lui avons demandé un retour sur cette expérience qui l’a fait naviguer des mathématiques « abstraites » à l’objet 3D « matérialisé »,

MG : Pouvez-vous nous donner un bref aperçu de la place qu’un objet 3D tel que le vôtre peut tenir au sein d’une collection d’objets mathématiques ?

A. Chéritat : Durant le 19e siècle, beaucoup d’universités avaient des modèles en plâtre d’objets mathématiques. Il y avait même des sociétés spécialisées dans leur réalisation. Aujourd’hui, ils ne sont plus utilisés ni renouvelés voire dépérissent.

Certains instituts ont pris conscience de cette perte : ils cataloguent, photographient, voire numérisent leurs collections. De son côté, l’impression 3D permet de les recréer plus facilement, soit à partir du modèle numérisé, soit directement à partir de leur équation quand on la connaît.
Ainsi ce patrimoine peut se préserver, se recréer, et s’étendre. En effet on peut maintenant produire des objets qu’il aurait été trop difficile de réaliser avec les techniques précédentes.
Nous ignorons la durabilité à long terme de ces nouveaux matériaux, mais si les imprimantes 3D se démocratisent, ils deviendront reproductibles à volonté et en grande quantité. On pourra peut-être, quitte à y mettre le prix, fabriquer des objets en une matière capable de survivre aux millénaires.

MG : Quelle a été votre démarche ou intention lors de la réalisation de cet objet 3D ?

A. Chéritat. Ma démarche : numériser signifie prendre un objet réel et le transformer en une représentation (données) informatique. En ce sens ma démarche est inverse : je crée d’abord des entités numériques, d’inspiration mathématique, que je réalise physiquement ensuite.

MG : Pouvez-vous nous en dire plus sur cet objet ? sur la façon dont l’impression 3D a ou non modifié votre perception même de ce dernier, sa faculté à être partagé?

A . Chéritat. Ces réalisations m’aident dans mon travail de recherche. La manipulation sur un écran d’ordinateur a ses limites, un modèle physique fait intervenir d’autres sens et d’autres intuitions, il a une « présence » qui marque.

Mais ces objets physiques ont aussi des qualités esthétiques et ludiques, on peut s’en servir pour la diffusion des sciences.

Par exemple, j’ai pris un polyèdre en 4D et l’ai projeté vers la 3D, obtenant ainsi un assemblage de polyèdres physiques, autrement dit un Puzzle en 3D.

Diapositive1

Projection 3D d’un polyèdre à 4 dimensions : Objet créé par imprimante 3D, A. Chéritat

Une autre réalisation montre le processus d’éversion de la sphère. Une surface se déforme et se traverse elle-même dans un mouvement compliqué, finissant par redevenir une sphère, mais dont les faces intérieures et extérieures se sont échangées. Les modèles physiques sont découpés et aimantés, de sorte qu’on puisse voir et toucher les portions cachées à l’intérieur

 

Venez découvrir ces objets lors du forum mais également rencontrer Arnaud Chéritat qui vous en dira plus à l’occasion de la nuit européenne des chercheurs vendredi 25 septembre à la cité de l’espace de 18h00 à minuit.

http://www.univ-toulouse.fr/sites/default/files/flyer_toulouse_bd_0.pdf

Le triptyque HTME 2015 : Sciences, Patrimoines et Numérique!

Les 150 ans du Muséum d’Histoire Naturelle de Toulouse sont l’occasion pour « Homme, Tu M’Etonnes! » de s’interroger sur les notions de patrimoines, notamment la façon dont les sciences les appréhendent et les partagent avec la société.Museum Bhttps://htme.hypotheses.org/wp-admin/post.php?post=181&action=edit

Sujet bien vaste, une journée ni même une année ne saurait y suffire! Pour cette raison nous avons opté pour un angle plus restreint, celui du numérique: son apport, ses limites, ses enjeux pour aujourd’hui et demain dans les relations Sciences/Patrimoines

Quels patrimoine(s)?

Il existe plusieurs patrimoines selon le contexte ; patrimoine mondial de l’UNESCO, patrimoine national, régional ou d’état… patrimoine culturel, naturel, industriel, scientifique et technique…

La définition sur laquelle nous nous appuierons est celle de l’UNESCO qui considère le patrimoine comme étant « notre héritage du passé, ce avec quoi nous vivons aujourd’hui, et ce que nous transmettons aux générations futures ». Pour nous, deux notions essentielles se rattachent au patrimoine : celles de « transmission » et également de reconnaissance ou « valeur collective ». Ainsi si une place de choix sera faite aux patrimoines ‘reconnus ou recensés’, nous nous interrogerons au-delà de ces derniers sur les patrimoines en devenir.. comme le devenir des patrimoines notamment via l’avènement du numérique.

Quelle approche?

Au delà des notions de « transmission » et de « valeur collective », 5 grands axes serviront de grille de lecture ou de fils conducteurs sur l’analyse que HTME fera des relations Sciences/Patrimoines et Numérique.

blog

Comment la Science contribue-t-elle aux processus de création, de sauvegarde/préservation, de structuration/analyse, de production de connaissances, de partage/restitution avec la Société? Voilà autant de question que nous aborderons ici au prisme du numérique…….

HTME 2015 Ce sera….

Comme vous l’avez deviné HTME 2015 traitera de  » Patrimoine », de « Sciences » et  de « Numérique »…..

Quizzplus de détail à suivre! mais en attendant que diriez vous d’un petit test avec le Quizz des savants de Bellevue et de profiter d’une première balade à travers les différentes facettes du patrimoine scientifique grâce aux films et photos du site CNRS-Patrimoine?

 

Veille et Ressources : c’est parti!

Indice 7 : Les mots clés sont dans le nuage

La veille et la quête de ressources sont lancées!! Retrouvez les premiers résultats dans l’onglet « ressources ».

WordItOut-word-cloud-869022

Nous avons commencé par les carnets de recherche francophones et actifs ces derniers mois.. Un premier survol non exhaustif, retrouver le catalogue des carnets ici

Ces mots clés vous inspirent??? N’hésitez pas à nous laisser des suggestions en commentaire!!!.

Découvrir le pont d’Avignon du Moyen Age

Indice 7 : Un patrimoine Unesco revisité en 3D

"Saint-benezet in southeastern France" by Chiugoran - Own work. Licensed under CC BY-SA 3.0 via Wikimedia Commons - http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Saint-benezet_in_southeastern_France.jpg#/media/File:Saint-benezet_in_southeastern_France.jpg

« Saint Benezet in Southeastern France », by Chiugoran

Crédit « Saint-benezet in southeastern France » by Chiugoran – Own work. Licensed under CC BY-SA 3.0 via Wikimedia Commons

Une restitution 3D pour découvrir l’enquête scientifique qui nous permet de découvrir le pont d’Avignon tel qu’il devait être au Moyen Age. Retrouvez la vidéo (CNRS/Le Monde)